La Villa Pignatelli est l'un des rares exemples de maison-musée existant à Naples, où les environnements et les collections entretiennent une relation étroite et originale, grâce aux décorations et aux meubles intégralement conservés au rez-de-chaussée. Les riches meubles témoignent de l’intérêt des Pignatellis pour les arts appliqués, de l’argenterie fine au mobilier du XIXe siècle, des montres de fabrication française aux porcelaines de tous les fabricants européens, ainsi que des vases et des tasses des anciennes productions chinoise et japonaise. Au premier étage de la Villa, la collection d’art de la Banco di Napoli est exposée en permanence: chefs-d’œuvre de Recco, Guarino, Traversi, de Gaspar van Wittel et peinture de paysage napolitain du XIXe siècle, de Gemito, aux sculptures Giacomo Balla, qui ferme la section consacrée au XXe siècle. L'intérieur de la villa conserve dans de nombreuses parties la structure originale voulue par Valente. Le vestibule circulaire, qui intègre les voies néo-palladiennes, devient l'élément d'articulation entre l'atrium et le balayage des espaces intérieurs. La luminosité de l'environnement, renforcée également par la balustrade s'ouvrant sur la voûte, rehausse le sol en marbre engagé. Le salon vert, utilisé comme une "salle d'entreprise", est un passage permettant d'accéder à la bibliothèque et à la salle à manger. À l'intérieur se trouvent les objets en porcelaine et en majoliques les plus précieux (Meissen, Sévres, Fabbrica di Capodimonte, Poulard Prad) issus de la collection des Princes. La grande salle rectangulaire, le salon rouge, a probablement été redessinée, par la volonté des Rothschild, par un architecte parisien inconnu qui a conçu la partie décorative, puis adaptée par Gaetano Genovese. La salle à manger, qui donne sur la partie ouest de la villa, a été redessinée dans la décoration intérieure par Pignatelli. La voûte blanche, décorée de stucs, définit l’espace de la pièce caractérisée par une élégante «boiserie» en bois en harmonie avec le parquet qui a remplacé celui initialement recherché par Acton dans des galets à la vénitienne rassemblés et enroulés, des compartiments un grand grec au milieu et à peindre ». L'ancienne "salle des sociétés", le salon bleu, qui relie la salle de bal au hall central, était recouverte à la fin du XIXe siècle d'une série de panneaux de bois sculptés et de stucs dorés; de nombreuses photographies y sont exposées, représentant des personnages de la famille Pignatelli et des maisons dirigeantes. La grande salle de la salle des fêtes est divisée en deux parties: l’une destinée à accueillir les danses, l’autre, séparée par une serliana, conçue pour être utilisée par les orchestres, où le plâtre rose original a récemment été mis au jour. remonte probablement à l'ère Rothschild. La salle pompéienne représente probablement le seul témoignage réel de l'intervention de Guglielmo Bechi à l'intérieur de la villa. L'architecte toscan, interprète bien connu du goût néo-pompéien, a conçu dans ce petit environnement exèdre un décor avec des parties architecturales faisant référence au style IV pompéien. Le décor évocateur de la bibliothèque était en fait le «fumoir» original de la maison Acton, identifié par une source datant de 1838 comme une salle réservée aux peintures et au billard. Redécorée par la volonté des Pignatellis, la salle a pris son aspect actuel au début du XXe siècle, lorsque les murs ont été recouverts d'un défilé de cuir raffiné et de reliefs dorés. Le musée Marquis Mario d'Alessandro de Civitanova, nommé d'après le généreux donateur, est installé dans le prolongement des anciennes écuries situées au rez-de-chaussée du bâtiment Rothschild, à l'intérieur du parc de la Villa. Outre la section réservée aux voitures, le musée, inauguré en 1975, présente une collection riche et raffinée de harnais, de bordures et d’autres accessoires liés à l’art de la carrosserie.