El Museo de Paleontología de Nápoles es el más reciente de los cuatro miembros del Centro de Ciencias Naturales y Físicas de la Universidad Federico II.
Se estableció en 1932, aunque las colecciones de fósiles se alojaron en el Real Museo Mineralógico de Nápoles incluso antes de esta fecha, en el siglo XIX. Hoy se ubica en el Claustro de los Santos Marcellino y Festo.
Exhibe varias colecciones: peces fósiles de Giffoni Vallepiana, Pietraroia y Castellammare di Stabia, mamíferos (como el cráneo de un joven Elephas antiquus italicus), una palma fósil, reptiles marinos y reptiles voladores.
Desde 1996 hay un espécimen fósil muy bien conservado de Allosaurus fragilis de América del Norte.